DU 145 insan prostat kanseri hücrelerinde Hsa-Mir-8072’nin potansiyel rolü

Abstract

Amaç: Çalışmamızda, insan prostat kanser hücre hattı (DU145) ve prostat normal epitel hücre hatları (RWPE) arasında miRNA ifadesinin analizini yapmak ve kanser gelişiminde olası rolünü incelemeği amaçladık. Gereçler ve Yöntem: İnsan prostat epitel hücre hattı (RWPE) ve prostat kanseri hücre hatları (DU-145) Amerikan Tip Kültür Koleksiyonu (ATCC)’den temin edildi. Hücre hatlarının çoğaltılmasında ve sürdürülmesinde RPMI 1640 besi ortamı kullanıldı. Transkriptom analizi için RNA izolasyonu yapılarak, kütüphane oluşturuldu, kütüphanenin kantitasyonunun ardından NextSeq500 (illumina) ile sekanslama yapıldı. Dizileme, haritalandırma, bağıl gen ifade ölcümleri gibi biyoinformatik analizler Genomics Workbench v 8 yazılımı kullanılarak GRCh38 referans sekansı ile yapıldı. Bulgular: RWPE normal prostat epitel hücre kültürleri ile DU145 prostat kanser hücreleri karşılaştırıldığı zaman DU145 prostat kanser hücre kültürlerinde, miRNA (hsa-mir-8072) ifadesinde anlamlı bir artma (p<0,05) görüldü. Sonuç: Bu sonuç bize hsa-mir-8072 ifadesinin prostat kanserinde onkogenik miRNA olarak rol oynayabileceğini düşündürdü.Objective: In this study, we aimed to analyze miRNA expression between prostate cancer cell line (DU145) and prostate normal epithelial cell lines (RWPE) and to investigate its possible role in cancer development. Material and Methods: Human prostate epithelial cell line (RWPE) and prostate cancer cell line (DU145) were acquired from ATCC. Both cell lines were maintanied in RPMI 1640 medium. Total RNA were isolated and fragmented. Adapters were ligated to prepare RNA library for whole trasncriptome experiments. Statistics and bioinformatics analysis including mapping, clustering, sequencing were done by using Genomics Workbench v 8. software. Results: As we compared the normal prostate ephitalial cells (RWPE) and prostate cancer cells (DU 145); miRNA (hsamir-8072) were significantly (p<0.05) up-regulated in DU145 cells. Conclusion: This result suggests that the hsa-mir-8072 expression may play a role as a oncogen in prostate cancer.