Diagnostic value of microarray method in autism spectrum disorder, intellectual disability, and multiple congenital anomalies and some candidate genes for autism: Experience of two centers

Abstract

Objective: This study aimed to demonstrate the diagnostic value of microarray testing in autism spectrum disorder, intellectual disability, and multiple congenital anomalies of unknown etiology, as well as to report some potential candidate genes for autism. Methods: Microarray analysis records between January 2016 and December 2017 from two Genetic Diagnostic Centers in Turkey, Kanuni Sultan Suleyman and Adana Numune Training and Research Hospital, were compiled. Detected copy number variations (CNVs) were classified as benign, likely benign, variants of uncertain significance (VUS), likely pathogenic, and pathogenic according to American College of Medical Genetics and Genomics guidelines. The clinical findings of the some patients and the literature data were compared. Results: In 109 (24.5%) of 445 patients, a total of 163 CNVs with reporting criterion feature were detected. Sixty-nine (42%) and 8 (5%) of these were evaluated as pathogenic and likely pathogenic, respectively. Fifteen (9%) CNVs were also evaluated as VUS. Pathogenic or likely pathogenic CNVs were detected in 61 (13.6%) of 445 patients. Conclusions: We found that the probability of elucidating the etiology of microarray method in autism spectrum disorder, intellectual disability, and multiple congenital anomalies is 13.6% with a percentage similar to the literature. We suggest that the MYT1L, PXDN, TPO, and AUTS2 genes are all strong candidate genes for autism spectrum disorders. We detailed the clinical findings of the cases and reported that some CNV regions in the genome may be associated with autism.Amaç: Otizm spektrum bozukluğu, zihinsel yetersizlik ve etiyolojisi bilinmeyen çoklu konjenital anomalilerde mikroarray testinin tanısal değerini göstermek ve otizm için bazı potansiyel aday genleri bildirmektir. Yöntemler: Türkiye’deki iki Genetik Tanı Merkezi Kanuni Sultan Süleyman ve Adana Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi’nin Ocak 2016 ile Aralık 2017 tarihleri arasında mikroarray analiz kayıtları derlendi. Tespit edilen kopya sayısı değişimleri (CNV), Amerikan Tıbbi Genetik ve Genomik Koleji kriterlerine göre iyi huylu, olası iyi huylu, klinik önemi belirsiz, olası patojenik ve patojenik olarak sınıflandırıldı. Bazı hastaların klinik bulguları ile literatür verileri karşılaştırıldı. Bulgular: Dört yüz kırk beş hastanın 109’unda (%24,5) raporlama kriteri özelliğine sahip toplam 163 CNV tespit edildi. Bunların 69’u (%42) ve 8’i (%5) sırasıyla patojenik ve olası patojenik olarak değerlendirildi. On beş (%9) CNV de klinik önemi belirsiz varyant olarak değerlendirildi. Dört yüz kırk beş hastanın 61’inde (%13,6) patojenik veya olası patojenik CNV tespit edildi. Sonuçlar: Otizm spektrum bozukluğu, zihinsel yetersizlik ve çoklu doğumsal anomalilerde mikroarray yönteminin etiyolojisini aydınlatma olasılığının literatüre benzer bir yüzdeyle %13,6 olduğunu gösterdik. MYT1L, PXDN, TPO ve AUTS2 genlerinin bir kez daha otizm spektrum bozuklukları için güçlü bir aday gen olduğunu öneriyoruz. Olguların klinik bulgularını detaylandırarak genomda otizm ile ilişkili olabilecek bazı CNV bölgelerini bildirdik.